W stomatologii jak w innych dziedzinach również występują patologie. Do takich patologii należy aerodontalgia, czyli ból zęba z powodu ciśnienia atmosferycznego, afta to znaczy owrzodzenie na błonie śluzowej jamy ustnej, amelogenenesis imperfecta-zaburzenia rozwoju szkliwa zębów, atrycja, czyli zużycie zębów przez wiek, bezzębie w wyniku próchnicy. Występują też choroby przyzębia, dentinogenesis imperfecta, dziąsła, endodoncja, fenomen christensena, fluoroza, glossoptosis, hiperdoncja, język geograficzny, mikrognacja, nadwrażliwość zębiny, nadziąślak, objaw Dupuytrea, Oppikofera, szkliwiak, suchy zębodół, streptococcus sanguinis,streptoccocus salivarius, śluzowiak zatok przynosowych, ślinochron, zębodół, wady zgryzu, zespół Pierre’a Robina, zapalenie tkanek około wierzchołkowych, torbiele, szkorbut. Wszystkie te patologie są leczone przez lekarzy stomatologów, ale nie wszystkie można wyleczyć skutecznie, dlatego należy podczas leczenia uzbroić się w cierpliwość, bo jak wiadomo nie od razu można wyleczyć wszystko, ale medycyna ciągle robi postępy i nowe metody pozwalają na bardziej skuteczne leczenie nawet patologii.
